Arhiv Hercegovačko-neretvanskog kantona/županije nastao je Odlukom Vlade HNK/Ž od 30.07.2004.godine, spajanjem Arhiva Hercegovine Mostar i Arhiva Hrvatske Republike Herceg-Bosna.

Osnivanjem Arhiva Hercegovine u Mostaru,1954.godine počinje organizovana djelatnost prikupljanja, čuvanja, zaštite i obrade arhivske građe u Hercegovini. O značaju, važnosti i ulozi Arhiva u Mostaru i regiji govori količina arhivske građe i sređenost arhivskih fondova, uspješna zaštita van Arhiva, korištenost arhivskih vrijednosti u naučne i dokazne svrhe, kulturno-obrazovna i izložbena aktivnost, te zavidna izdavačka djelatnost.

Arhiv je osnovan 4. jula 1954. godine, rješenjem Narodnog odbora grada Mostara, br.14653/54 pod nazivom”Arhiv grada Mostara”.

Bez obzira na “gradsku” registraciju od početka svojom djelatnošću na sakupljanju, sređivanju, obradi i zaštiti arhivske građe pokriva cijelu Hercegovinu, pa je Rješenjem Skupštine sreza Mostar od 06.04. 1964.godine naziv Arhiva usaglašen sa operativnom regijom i dobija logičan naziv “Arhiv Hercegovine Mostar”.

Arhiv s pravom zadržava svoj naziv, jer ono što posjeduje, što je deponirano u njegovim spremištima, predstavlja riznicu podataka o cijeloj Hercegovini.

Malobrojni radnici, entuzijasti i pioniri arhivske službe u Hercegovini, od osnivanja do 1960.godine, najveći dio radne energije i programskih zadataka usmjerili su na pronalaženju i sakupljanju fragmentarne dokumentacije minulih vremena. Evidentirali su i zaštitili građu brojnih preduzeća i ustanova, a nezaštićenu arhivsku građu iz tavana, podruma, magaza bivših trgovaca i drugih neuslovnih i neprimjerenih smještaja preuzimali su i prenosili u skučene prostore Arhiva.

Obilazeći brojne mostarske i hercegovačke porodice, pronašli su, sakupili, i dijelom otkupili vrlo značajnu historijsku građu o Mostaru i Hercegovini..

To su bili prvi koraci u organizovanom i institucionaliziranom razvoju arhivske djelatnosti u Hercegovini. Predanim radom, iako se broj zaposlenih kretao od 4 do 8 ljudi, Arhiv Hercegovine, već šezdesetih godina raspolaže bogatim fondovima arhivske građe manuskripta, fotosa i bibliotečkih unikata..

Osmišljenim prikupljačkim i istraživačkim akcijama radnici Arhiva Hercegovine prikupili su količinski obimnu i sadržajno bogatu arhivsku građu raznorodne provenijencije i karaktera, raznih sadržaja i formi bilježenja.

O tome svjedoči činjenica da Arhiv ima 320 fondova i 38 zbirki, te bogatu fototeku, hemeroteku i na hiljade kseroks kopija i prepisa primarnih izvornih dokumenata značajnih za izučavanje historije Mostara i Hercegovine, te bogatu i sadržajnu stručnu biblioteku.

Materijalna i kadrovska osnova je jačala i sedamdesetih godina stvaraju se potrebni uvjeti za intezivan stručni rad, a rezultat toga su urađena brojna naučno informativna pomagala (inventari, katalozi, regesta i dr).

Arhiv započinje i svoju publicističku aktivnost i u približavanju vrijednosti, koje čuva, široj kulturnoj i naučnoj javnosti, 1973. godine štampa svoj prvijenac “Vodič kroz fondove i zbirke Arhiva Hercegovine”.

Nešto kasnije izdaće “Katalog arapskih, turskih i perzijskih rukopisa Arhiva Hercegovine”, a 1981.godine pokreće časopis (godišnjak) za kulturno i historijsko naslijeđe “Hercegovina” čijih je 10 brojeva obradovalo ljubitelje kulturne i historijske tradicije, žedne novih spoznaja.

Predavanja, seminari, izložbe postaju praksa i pratilac djelovanja i prisustva Arhiva u kulturnom i društvenom životu Mostara i Hercegovine.

Oni koji prate razvojni put ove značajne institucije sjetit će se da su radnici Arhiva, noseći teret odgovornog posla, prezentirali javnosti izložbe: “Pisma u dokumentima i rukopisima Arhiva”, “Mostar iz turskog perida u dokumentima Arhiva”,”Kroz fondove i zbirke Arhiva”,”Orijentalna zbirka Arhiva” , „120 godina Fabrike duvana Mostar“, „Mujaga Komadina 1839-1925“, „Izvori informacija i dokaza“, „Antifašistička borba Hercegovine (1941-1945)“ i druge.

Arhiv se stalno bogatio novim sadržajima i bibliotečkim vrijednostima,svojim aktivnostima i postignutim rezultatima stekao je epitet uzorne arhivske ustanove u BiH. Onda su od 1992. godine u rušilačkom i destruktivnom naletu nestale ogromne kulturne vrijednosti, među njima i značajna arhivska građa. Stradanje Arhiva Hercegovine (depoi i registrature) nikada nije precizno urađeno. Entuzijazmom zaposlenih, razumijevanjem gradskih vlasti i materijalnim sredstvima EU u Mostaru stvoreni su uvjeti za novi uzlet, jer postojeće arhivsko bogatsvo treba dopunjavati, daleko bolje čuvati ljubomorno štititi za sadašnje i buduće generacije. I u najtežim radnim i ratnim okolnostima vrijedni i korisnom poslu, čuvanja i zaštite bogate kulturne baštine odani radnici uspijevali su prikupiti i obogatiti novim sadržajima postojeće fondove i zbirke, biblioteku, hemeroteku, fototeku, ali i nabaviti odgovarajuću tehničku i procesnu opremu i tako stvoriti optimalne uvjete za efikasniji i funkcionalniji rad.