Архив Херцеговачко-неретванског кантона/Жупаније настао је Одлуком Владе ХНК/Ж од 30. јула 2004. године спајањем Архива Херцеговине Мостар и Архива Хрватске Републике Херцег-Босне.

Оснивањем Архива Херцеговине у Мостару 1954. године почиње организована дјелатност прикупљања, чувања, заштите и обраде архивске грађе у Херцеговини. О значају, важности и улози Архива у Мостару и регији говоре количина архивске грађе и организација архивских фондова, успјешна заштита ван Архива, кориштење архивских вриједности у научне и доказне сврхе, културно- едукативна и изложбена делатност, и завидна издавачка делатност.

Архив је основан 4. јула 1954. године одлуком Народног одбора града Мостара, број 14653/54 под називом „Архив града Мостара“.

Без обзира на „градску“ регистрацију, од почетка своју дјелатност на прикупљању, уређењу, обради и заштити архивске грађе покрива цијелу Херцеговину, па је Одлуком Скупштине Мостарске регије од 06.04. Године 1964. назив Архива је усклађен са оперативним подручјем и добио је логичан назив „Архив Херцеговина Мостар“.

Архив је с правом задржао име, јер оно што посједује, што је похрањено у његовим спремиштима, представља ризницу података о цијелој Херцеговини.

Мањи број радника, ентузијаста и пионира архивске службе у Херцеговини, од њеног оснивања до 1960. године, највећи дио своје радне енергије и програмских задатака усмјерио је на проналажење и прикупљање фрагментарне документације прошлости. Евидентирали су и заштитили грађу бројних предузећа и установа, а незаштићену архивску грађу са тавана, подрума, магацина бивших трговаца и других неусловних и неприкладних смештаја преузимали и преносили у скучене просторе Архива.

Обилазећи бројне мостарско-херцеговачке породице, пронашли су, прикупили, а дјелимично и откупили веома значајну историјску грађу о Мостару и Херцеговини.

То су били први кораци у организованом и институционализованом развоју архивске делатности у Херцеговини. Преданим радом, иако се број запослених кретао од 4 до 8 људи, Архив Херцеговине је већ шездесетих година прошлог вијека располагао богатим фондом архивске грађе, рукописа, фотографија и уникатних библиотечких предмета.

Промишљеним прикупљањем и истраживачким акцијама, запослени у Архиву Херцеговине прикупили су обимну и садржајно богату архивску грађу разноврсне провенијенције и карактера, различитих садржаја и облика евидентирања.

О томе сведочи податак да Архив има 320 фондова и 38 збирки, као и богату фототеку, библиотеку новина и хиљаде ксерокопа и транскрипција примарноизворних докумената значајних за проучавање историје Мостара и Херцеговине. као и богата и свеобухватна стручна библиотека.

Ојачана је материјална и кадровска база, а седамдесетих година створени су неопходни услови за интензиван стручни рад и као резултат тога створена су бројна научно-информативна помагала (инвентари, каталози, регистри и др.).

Архив почиње и са новинарском дјелатношћу, а како би вриједности које чува приближио широј културној и научној јавности, 1973. године објављује своју прву књигу „Водич кроз фондове и збирке Архива Херцеговине“.

Нешто касније издаје „Каталог арапских, турских и персијских рукописа Архива Херцеговине“, а 1981. покреће часопис (годишњак) за културно-историјску баштину „Херцеговина“, чијих 10 бројева одушевљава љубитеље културног и културног наслеђа. историјска традиција, жедна за новим сазнањима.

Предавања, семинари, изложбе постају пракса и пратилац активности и присутности Архива у културном и друштвеном животу Мостара и Херцеговине.

Они који прате развојни пут ове значајне установе памтиће да су запослени у Архиву, носећи терет одговорног рада, јавности представили изложбе: „Писма у документима и рукописима Архива“, „Мостар из Турске“. период у документима Архива“, „Кроз фондове и збирке Архива“. „Оријентална збирка Архива“, „120 година Фабрике дувана Мостар“, „Мујага Комадина 1839-1925“, „Извори информација. и докази“, „Антифашистичка борба Херцеговине (1941-1945)“ и др.

Архив се непрестано обогаћивао новим садржајима и библиотечким вриједностима, својим дјеловањем и постигнутим резултатима стекао је епитет узорне архивске установе у Босни и Херцеговини. Тада, од 1992. године, у деструктивном и рушилачком нападу нестају огромне културне вредности, међу којима је и значајна архивска грађа. Страдање Архива Херцеговине (депои и матичне књиге) никада није прецизно урађено. Ентузијазам запослених, разумијевање градских власти и финансијска средства ЕУ у Мостару створили су услове за нови узлет, јер постојеће архивско богатство треба допунити, много боље сачувати и љубоморно заштитити за садашњост и будућност генерације. И у најтежим радним и ратним околностима, вредним и корисним радом, очувањем и очувањем богатог културног наслеђа, предани радници успели су да прикупе и обогате новим садржајима постојеће фондове и збирке, библиотеку, фототеку, фото библиотека, али и набављена одговарајућа техничко-процесна опрема и тиме створени оптимални услови за ефикаснији и функционалнији рад.